Auf der Insel Hachijō vor der Küste der Präfektur Tokio versammeln sich Ingenieure aus der ganzen Welt, um die Inbetriebnahme der „Pacific Buoy“ vorzubereiten, die Überwachungskameras aller Polizeibehörden weltweit miteinander vernetzen und eine Gesichtserkennungssoftware, die mit brandneuer Technologie ausgestattet ist, testen soll.

Unterdessen lädt Sonoko ihre Freunde auf eine Reise nach Hachijō ein, um dort Wale zu beobachten. Doch als Conan erfährt, dass Gin von der Schwarzen Organisation einen Europol-Mitarbeiter ermordet hat, der auch mit der Pacific Buoy zu tun hatte, schleicht er sich auf ein Polizeischiff und infiltriert die Einrichtung.

Dort sind die Vorbereitungen für die vollständige Aktivierung in vollem Gange, bis eine Ingenieurin von der Schwarzen Organisation entführt wird und ihnen so ein USB-Stick mit speziellen Informationen in die Hände fällt. Doch damit nicht genug: Aus den Tiefen des Ozeans steigt eine weitere Gefahr auf…